Le jeune Tim, 21 ans, apprend que son père, le détective Harry Goodman, est décédé dans un accident de la route. Il se rend donc à Ryme City, une mégalopole où cohabitent les humains et les Pokémon, afin d'en apprendre davantage sur les circonstances de sa mort. Sur place, il rencontre le partenaire Pokémon d'Harry, Pikachu. À sa grande surprise, il peut comprendre que ce qu'il dit. Pikachu a perdu la mémoire, mais est persuadé qu'Harry n'est pas vraiment mort, comme le prétend la police. Tim et son nouvel ami Pokémon enquêteront donc afin de savoir ce qu'il est vraiment advenu du détective.
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